Introduction to {targets}

## データ解析ワークフローを無駄 なく、再現可能にするRパッケージ「targets」の紹介

**ニッタ ジョエル**

BioPackathon 2022/01/12

https://joelnitta.com

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## 自己紹介

.pull-left[
**ニッタ （新田）ジョエル**

@joel_nitta

https://joelnitta.com

- [東京大学岩崎研究室](http://iwasakilab.k.u-tokyo.ac.jp/)

- 特任助教

- 研究テーマ：シダ植物の 進化、生態学

- 趣味：マラソン
]

.pull-right[
<img src="https://github.com/joelnitta/joelnitta-site/blob/master/static/media/headers/research_img2.jpg?raw=true" alt="drawing" height="400"/>
]

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## 発表のアウトライン

- {targets}の紹介

- ライブコーディング

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## ワークフローについて話しましょう

![Hadley Wickham's data analysis workflow chart](images/workflow_1.png)

.footnote[R for Data Science https://r4ds.had.co.nz/]

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## ワークフローについて話しましょう

![Hadley Wickham's data analysis workflow chart with icon showing part of it changed](images/workflow_2.png)

ワークフローの**一部が変わってしまったら**、他のところが **どう影響されるのか**？

**どこまでやり直す必要があるのか？**

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## 再現性について話しましょう

### あなとのワークフローを再現できますか？

- 今すぐに？

- 数ヶ月（あるいは数年）後に？

- 他の誰かが？

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## ワークフロー管理ツールに 任せましょう！

たくさんあります：

- `make`（bash）
- `snakemake`（python）
- `nextflow`（バイオインフォ系）
- `cwl`

などなど

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## {targets}とは？

.pull-left[
- Rの**ワークフロー管理パケージ**

- ワークフローの**必要なところだけを走らせる**

- ワークフローを書く段階で **パラレル化する**

- 計算結果がコードとデータと一致していることを証明する
]

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## Resources 資料

- Github https://github.com/ropensci/targets

- Package website https://docs.ropensci.org/targets/

- User manual https://books.ropensci.org/targets/

- Targetopia https://wlandau.github.io/targetopia/

- {tarchetypes} website https://docs.ropensci.org/tarchetypes/

- [@u_ribo](https://twitter.com/u_ribo)さんの[発表](https://speakerdeck.com/s_uryu/workflow-management-with-targets)

- ニッタの[Workflow Meetup発表](https://joelnitta.github.io/workflow-meetup-targets-intro)

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## Live Coding

- `tar_script()`: ワークフロープランを書く

- `tar_visnetwork()`: ワークフローロを確認する

- `tar_make()`: ワークフローを実行する

- `tar_load()`: ターゲットを読み込む

- `tar_outdated()`：次回走らせるところを予測する

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class: inverse, center, middle

# Live Coding

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## targetsワークフローの例

### gapminder workflow

https://github.com/joelnitta/targets_gapminder_example

### variant calling workflow

https://github.com/joelnitta/targets_vcf_example

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## まとめ

- `_targets.R`にワークフロープランを書く

- `tar_make()`でワークフローを走らせる

- `tar_visnetwork()`でワークフローの状況を可視化する

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## 「もっと知りたい」と思ったら...

User manual https://books.ropensci.org/targets/

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class: inverse, center, middle

# ご清聴ありがとう ございました